“政府管得过宽、学校被管得过死”是教育改革面临的一大问题。教改纲要提出要“建设现代学校制度”，“推进政校分开、管办分离”。

　　纲要在多个方面保证办学自主权，包括：自主开展教学活动、科学研究、技术开发和社会服务，自主设置和调整学科、专业，自主制定学校规划并组织实施，自主设置教学、科研、行政管理机构，自主确定内部收入分配，自主管理和使用人才，自主管理和使用学校财产和经费。

　　长期以来，行政部门对高校管理得过多过细，导致高校行政化趋重。为克服高校行政化倾向，纲要提出要“取消实际存在的行政级别和行政化管理模式”。健全校务公开制度，接受师生员工和社会的监督。

　　中国科技大学原校长、南方科技大学校长朱清时认为：落实高校办学自主权，就是按照教学规律办学，引导学校依法办学。高校必须以教授为主导，改变当前依靠行政权力治校的局面。

　　纲要还针对学术环境和学术质量提出改革思路——确立科学的考核评价和激励机制；建立高等学校质量年度报告发布制度。